一、對水源和肥料要求高
施肥槍注射施肥雖然對硬件設(shè)備要求較低，但是對水源和肥料有較高要求。如果使用的肥料溶解性不好，容易造成槍頭噴水孔堵塞。肥料在噴水孔處沉積，會(huì)導(dǎo)致槍頭處的肥料不均勻。

二、投資成本高
滴灌施肥技術(shù)雖然在節(jié)約水資源、提高肥料利用率方面具有顯著效果，但是對硬件設(shè)施有較高要求。其系統(tǒng)運(yùn)行需要配備水源和電源，建立儲(chǔ)肥罐或肥料池，并安裝管道、過濾器和壓力表等配套設(shè)施。如果從零開始建設(shè)，投入成本過高。安裝水肥一體化設(shè)備雖然具備較高的長遠(yuǎn)效益，但是對一般農(nóng)戶而言難以接受，不利于水肥一體化技術(shù)的大范圍推廣。

三、滴頭堵塞問題

滴灌技術(shù)中使用的滴頭空隙直徑普遍小于1mm，容易被肥料溶液中的懸浮物、不溶鹽和其他有機(jī)物、氧化物堵塞。一旦發(fā)生滴頭堵塞，會(huì)對灌溉的均勻性產(chǎn)生極大影響，堵塞嚴(yán)重會(huì)導(dǎo)致整個(gè)滴灌系統(tǒng)無法正常運(yùn)行。目前滴頭過濾技術(shù)主要解決了沙、泥等懸浮物的堵塞問題，難以對化學(xué)堵塞和生物堵塞進(jìn)行有效解決。而且這些堵塞物的積累還容易滋生微生物，對灌溉溶液造成污染。

四、鹽分累計(jì)問題

由于滴灌技術(shù)的出水量少，在某些干旱地區(qū)，水分蒸發(fā)快，一些營養(yǎng)成分無法隨著水分滲透到作物根系，會(huì)在地表產(chǎn)生鹽分積累。經(jīng)過日積月累，地表鹽分濃度大幅度提升，改變了土壤的理化環(huán)境，會(huì)對作物生長產(chǎn)生直接影響。這是目前采用滴灌水肥一體化技術(shù)急需解決的問題。